Ecoton berdiri tahun 1996 sebagai kelompok studi konversi lahan basah Program Studi Biologi di Unair dan berbadan hukum di tahun 2000, karena rasa keprihatinan terhadap permasalahan lingkungan di Jawa Timur khususnya di Kali Surabaya. Banyak sekali pencemaran sungai yang terlihat nyata namun tidak ada tindakan apa-apa. Oleh karna itu Ecoton hadir untuk memulihkanlingkungan sungai agar tidak semakin tercemar
“Terwujudnya kelestarian keragaman hayati dan keberlanjutan fungsi lingkungan hidup bagi manusia, melalui pengelolahan ekosistem sungai dan lahan basah yang berkeadilan dan partisipatif””
Ecoton berkeyakinan perubahan pengelolaan sungai yang berkeadilan antar generasi hanya akan dapat diraih dengan menempatkan partisipasi maasyarakat sebagai ujung tombak perubahan. Masyarakat harus mendapatkan informasi dan porsi yang adil untuk bisa terlibat dalamn pengelolahan sumber-sumber air. Untuk mendorong partisipasi masyarakat Ecoton memproduksi informasi-informasi terkait dengan potensi dan ancaram ekosistem sungai dan sumber-sumber air, Informasi ini lahir dari kajian, penelitian, eksplorasi data yang dilakukan Ecoton dengan tenaga peneliti yang profesional.
Terbangunnya sistem informasi dengan peran penting Media Massa seperti koran, Radio, Televisi, Majalah, dan Media online akan membuat masyarakat mengetahui kondisi pengelolahan sumber air terkini pada gilirannya Ecoton mendorong masyarakat untuk membentuk komunitas-komunitas yang berperan aktif dalam pengawasan dan perencanaan, serta menjadi bagian penting dari pengelolaan sumber-sumber air.
Anak-anak menjadi bagian penting dari perubahan sungai yang berkeadilan anatar generasi karena Ecoton mnyakini anak adalah korban kerusakan lingkungan sungai yang disebabkan oleh perilaku dan keberhakan kebijakan pada eksplotasi sumber-sumber air yang destruktif dan merampas hak generasi yang akan datang. Anak-anak bisa membuat perubahan sehingga anak -anak harus disadarkan tahukan tentang ketidak displinan pengeelolaan sungai. Anak anak harus di libatkan untuk lebih bertanggung jawab dan berpartisipasi dalam pengelolaan sumber-sumber air
